Gestion des préfets : Les recommandations de la Cour des comptes

La réforme de l'encadrement supérieur de l'État s'est notamment traduite par la mise en extinction du corps préfectoral et la création d'un statut d'emploi de préfet, accessible sous certaines conditions au premier chef aux membres du corps élargi des administrateurs de l'État.

Cette réforme s'est accompagnée d'une revalorisation de la rémunération des préfets et du maintien d'une filière métier d'accès aux fonctions de préfet et de la confirmation d'un rôle central du ministère de l'Intérieur dans la gestion des emplois de préfets.

Dans un rapport sur la gestion de préfets, la Cour des comptes rappelle qu'à la suite de cette réforme, à la fin de l'année 2024, le corps des préfets ne comptait plus que neuf préfets contre 226 fin 2019. Au cours de la même période, le nombre d'emplois de préfets a en revanche légèrement progressé, passant de 126 à 134.

La Cour note par ailleurs que les préfets ont bénéficié de "conditions de reclassement avantageuses dans le corps des administrateurs de l'État qui offraient, d'une part, une hausse de 1,4 % à 3,5 % de leur traitement indiciaire et, d'autre part, des perspectives d'évolution plus dynamiques de cette composante de leur rémunération".

Le rapport note en outre que "l'assiette fiscale et sociale des avantages en nature accordés aux préfets (logement de fonction et personnel de maison notamment) reste sous-évaluée". Il convient que cette anomalie soit corrigée.

Cependant, le renforcement des conditions d'expérience et d'ancienneté requises pour être nommé au titre du contingent dit "des deux tiers" consolide la filière métier des sous-préfets territoriaux et son rôle de voie d'accès privilégiée à l'exercice de fonctions de préfet.

Ainsi, note le rapport, malgré le caractère interministériel des attributions dévolues aux préfets, la réforme de l'encadrement supérieur de l'État n'a pas remis en cause la qualité de gestionnaire de ces emplois attribuée au ministère de l'Intérieur.

Pour la Cour des comptes, "cette situation pourrait toutefois être réexaminée compte tenu des attributions des préfets à l'égard de l'ensemble des chefs de service déconcentrés des administrations civiles et des responsables territoriaux des opérateurs de l'État, renforcées par le décret du 30 juillet 2025".

Ainsi, le ministère de l'Intérieur devrait inscrire davantage son action dans un paysage institutionnel transformé par la réforme de l'encadrement supérieur de l'État, le dialogue de gestion entre le ministère de l'Intérieur et la DIESE restant à structurer.

La Cour des comptes appelle donc à la modernisation de la gestion des préfets, en notant un mouvement de renouvellement de diversification des profils nommés aux emplois de préfets.

Il apparaît ainsi que 42 % des préfets en poste, à la fin de l'année 2024, occupaient un tel emploi pour la première fois, contre 32 % en 2019, tandis que l'on note une diminution de la proportion de préfets affectés au ministère de l'Intérieur à l'issue de leur scolarité à l'ENA (passée de 86 % à 75 % entre 2019 et 2024).

Cependant, précise le rapport, la proportion de femmes préfètes s'est réduite de 27 % à 24 % entre 2019 et 2024, et les femmes restent sous-représentées dans les emplois de préfet de plus haut niveau, leur nombre étant passé de 21 à 14 % pour le groupe II des préfets de région hors Outre-mer et de 27 % à 20 % pour le groupe III des préfets de département et des préfets de région d'Outre-mer.

La Cour précise par ailleurs que le nombre d'anciens préfets exerçant d'autres fonctions au sein du ministère de l'Intérieur ou poursuivant leur carrière professionnelle en dehors de ce dernier est resté stable (passant de 102 fin 2019 à 104 fin 2024).

Les recommandations

La Cour des comptes formule plusieurs recommandations :

1. Réévaluer les avantages en nature dont bénéficient les préfets conformément aux dispositions de l'article 82 du Code général des impôts.
2. Préciser et assurer une transparence accrue au régime indemnitaire des préfets, en produisant le bilan annuel de l'attribution du régime indemnitaire de l'encadrement supérieur du ministère de l'Intérieur relatif à l'Indemnité de fonctions, de sujétions et d'expertise (IFSE) et au Complément Indemnitaire Annuel (CIA) ; en formalisant les critères de la réévaluation biannuelle de l'IFSE ; en améliorant les conditions d'attribution du CIA : formalisation des déterminants de l'attribution de la part ministérielle, complémentarité mieux assurée de la part ministérielle avec la part interministérielle et généralisation de la communication aux préfets des facteurs explicatifs du montant de CIA qui leur est attribué.
3. Afin d'en garantir la cohérence et d'en optimiser la complémentarité, rationaliser l'offre de formation du ministère de l'Intérieur à destination de son encadrement supérieur en tenant compte de celle de la DIESE.
4. Renforcer les mesures d'accompagnement à la mobilité des préfets et développer les mobilités croisées avec les autres départements ministériels.
5. En l'absence de suites données à la recommandation de la Cour de 2014 visant à réserver six appartements parisiens à l'hébergement temporaire de préfets territoriaux venant de rejoindre l'administration centrale du ministère, étudier l'opportunité de leur cession.
6. Fixer un objectif de trois ans dans l'emploi avant de proposer une nouvelle affectation à l'autorité de nomination, en adaptant à cet effet le critère d'ancienneté pris en compte dans les tableaux de suivi des préfets en poste, et allonger le délai entre la décision de nomination à un emploi de préfet et la prise de poste effective afin de permettre aux intéressés de mieux s'organiser.
7. Continuer à sanctionner les comportements managériaux dysfonctionnels par la mise en œuvre de procédures disciplinaires distinctes du retrait d'emploi et assurer une meilleure diffusion de la doctrine applicable en la matière.
8. Faire évoluer la méthodologie des évaluations à 360° des préfets en mettant fin à la pratique d'évaluations exclusivement assurées par d'anciens préfets, en intégrant dans les comptes-rendus d'évaluation une mention précise des compétences acquises et à développer et en adaptant le contenu des évaluations au stade de la carrière des préfets.
9. Formaliser les compétences requises par les différents emplois de préfet afin de mieux objectiver les propositions de nomination en fonction des compétences requises par le poste et de celles détenues par la personne proposée.
10. Adapter le dispositif des formations obligatoires des préfets primo-nommés à l'origine professionnelle des préfets et mettre en place des plans de formation continue des préfets.